1. многопоточность в lua - идея совсем дурацкая. это как-то работает, но вообще, lua не предназначена для таких вещей.
2. создавать отдельные lua-машины можно, это нормально. например, lua_share так и работает. но если для запуска используется отдельный новый тред, создаваемый в библиотеке написанной на си - см пункт 1. и если я правильно помню, в таких стейтах есть проблемы с квиковыми расширениями.
3. в квике есть штатный способ создания lua-машин, для каждой запускается отдельный тред. это называется "запуск скриптов".
проблема не в том, чтобы создать lua-маштну из отдельного треда и в ней что-то запустить. проблема в том, чтобы все это корректно потом завершить, без утечек памяти, крашей и прочих радостей. это довольно непросто.